Ash e seus amigos são convidados pelo “maior treinador Pokémon do mundo” para uma festa na ilha New Island. Chegando à ilha, eles descobrem que o convite havia sido feito pelo Pokémon genético Mewtwo, criado no laboratório da Equipe Rocket a partir dos genes do Pokémon Mew. Mewtwo pretende clonar os Pokémon dos treinadores para conquistar o mundo dos humanos e logo inicia-se uma épica batalha entre os clones criados por Mewtwo e os Pokémon dos treinadores! Durante a batalha surge Mew, o Pokémon que deu origem a Mewtwo. Ash e seus amigos serão capazes de deter os planos de Mewtwo? E o que acontecerá com o misterioso Pokémon Mew?